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observed species指数，chao指数和ace指数什么区别

observed species指数，chao指数和ace指数区别为：性质不同、变化不同、引入变量不同

一、性质不同

1、observed species指数：observed species指数表示该样品中含有的物种数目。

2、chao指数：chao指数估算样品中所含OTU数目的指数。

3、ace指数：ace指数评估样本中物种组成的丰富度和均匀度。

二、变化不同

1、observed species指数：observed species指数的数值越高表明样品物种丰富度越高。

2、chao指数：chao指数的数值越大代表样本中所含物种越多。

3、ace指数：ace指数的数值越大表示该环境的物种越丰富，各物种分配越均匀。

三、引入变量不同

1、observed species指数：observed species指数引入了物种丰度的变量，通过菌群结构数据与某种给定的因素互相拟合来探寻样本、物种两两之间的关系

2、chao指数：chao指数引入了生物因子的变量，通过组内物种组成及表达和组间物种表达趋势，结合离群样本判断探寻样本、物种两两之间的关系。

3、ace指数：ace指数引入了环境因子的变量，通过置换检验来探寻样本、物种、环境三者之间的关系。

微生物多样性分析中 chao 指数与otu数是什么关系

3OTU分类和统计：OTU(operational taxonomic units) 是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为了便于进行分析，人为给某一个分类单元（品系，种，属，分组等）设置的同一标志

通常按照 97% 的相似性阈值将序列划分为不同的 OTU，每一个 OTU 通常被视为一个微生物物种

相似性小于97%就可以认为属于不同的种，相似性小于93%-95%，可以认为属于不同的属

样品中的微生物多样性和不同微生物的丰度都是基于对OTU的分析

使用QIIME（version 1.8.0）工具包进行统计注释

使用QIIME（version 1.9.0, http://bio.cug.edu.cn/qiime/）的ucluster方法根据97%的序列相似度将所有序列进行同源比对并聚类成operational taxonomic units (OTUs)

然后与数据库GreenGenes（version gg_13_8, http://greengenes.lbl.gov/cgi-bin/JD_Tutorial/nph-16S.cgi）进行比对，比对方法uclust，identity 0.9

然后对每个OTUs进行reads数目统计

下面的2个表，其中一个表是对每个样本的测序数量和OTU数目进行统计，并且在表栺中列出了测序覆盖的完整度（显示前10个样本）

另一个表是对每个样本在分类字水平上的数量进行统计，并且在表栺中列出了在每个分类字水平上的物种数目（显示前10个样本）

可以看到绝大部分的OTU都分类到了属（Genus），也有很多分类到了种（Species）

但是仍然有很多无法完全分类到种一级，这是由于环境微生物本身存在非常丰富的多样性，还有大量的菌仍然没有被测序和发现

测序数目统计表主要是对每个样本的测序数量和OTU数目进行统计，并且在表格中列出了测序覆盖的完整度（显示前10个样本，如果样本超过10个，请查看结果中otu_stat.txt文件）其中 SampleName表示样本名称；SampleSize表示样本序列总数；OTUsNumber表示注释上的OTU数目；OTUsSeq表示注释上OTU的样本序列总数

Coverage是指各样品文库的覆盖率，其数值越高，则样本中序列没有被测出的概率越低

该指数实际反映了本次测序结果是否代表样本的真实情况

计算公式为：C=1-n1/N 其中n1 = 只含有一条序列的OTU的数目； N = 抽样中出现的总的序列数目

分类水平统计表主要是对每个样本在分类学水平上的数量进行统计，并且在表格中列出了在每个分类学水平上的物种数目（只显示前10个样本，如果样本超过10个，请查看结果中taxon_all.txt文件）其中SampleName表示样本名称；Phylum表示分类到门的OTU数量；Class表示分类到纲的OTU数量；Order表示分类到目的OTU数量；Family表示分类到科的OTU数量；Genus表示分类到属的OTU数量；Species表示分类到种的OTU数量

3个chao1指数求平均值

3^2和3^3和3^4求平均值为39

3^2等于9

3^3等于27

3^4等于81

9、27和81的平均值为39

微生物多样性chao1 为什么有十组数据

微生物多样性chao1 为什么有十组数据1、微生物生活环境的多样性：在地球的极端环境下都能找到微生物活动的踪迹，接近沸点的温泉、极寒地带、高压、高盐、极酸、极碱环境都有微生物生存，这是其他物种无法比拟的

2、营养代谢类型的多样性：以碳源、氮源、利用光能、化学能等各种代谢途径制造完成生命周期所需的能量，这种代谢途径、营养物质需求的多样性在其他物种很少见到的

3、微生物分类学上类群的多样性：包括原核生物：细菌、放线菌、螺旋体、支原体、立克次氏体、衣原体以及真核生物中的：真菌、藻类、原生动物以及非细胞生命体：病毒和亚病毒（阮病毒、类病毒等）

4、微生物生活方式、繁殖方式的多样性：由于微生物所涉及的种类繁多决定了它们的生活方式、繁殖方式也具有动物植物所不能比拟的多样性

5、遗传基因的多样性：遗传基因决定了生命的活动形式，微生物巨大的种类数量决定了其具有巨大的遗传资源

不同的微生物其基因决定了其生命活动方式、代谢途径等，加上微生物具有所有物种中最快的变异速度，也在一定程度上增加了其遗传物质的多样性

基于以上这些，微生物的多样性也包括了其开发用途的多样性，在医药、环境、化工各个方面微生物都得到广泛的研究和应用，具有多样的现实意义

什么是指数,1的指数是几? 什么是指数?1的指数是几?

指数是有理数乘方的一种运算形式,它表示的是几个相同因数相乘的关系如： 2的3次方=2*2*2=8 2的3次方这里2是底数,3是指数,8是幂,是结果. 1的指数是0.（x的0次幂=1）

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